Buonasera,
direi che inserire la tredicesima in ogni busta paga, con voce specifica, non è contrario ad alcuna norma contrattuale e non dovrebbe generare alcun contenzioso considerato che la voce tredicesima è separata dalle altre spettanze della busta paga.
Comunque il programma inserisce mensilmente questa voce perchè nell'impostazione del trattamento economico è stato selezionato l'apposito flag. Se toglie la spunta dal campo apposito con il prossimo mese di elaborazione, il programma comincerà ad accantonare i ratei di tredicesima in modo che vengano pagati prima del prossimo Natale!
Cordiali saluti e buon 2016.